Gli Isoenzimi della Fosfatasi Alcalina sono utili in caso di aumento dei valori di ALP totale, per valutare il contributo di fegato, osso, placenta nel costituire i livelli di fosfatasi alcalina totale. Nel morbo di Paget la frazione ossea e' tipicamente aumentata. I livelli degli isoenzimi ossei ed epatici della ALP sono alti in caso di ipertiroidismo e nel corso di patologie reumatiche. Il dosaggio selettivo dell'isoenzima osseo puo' essere utile nel follow-up dell'osteoporosi post-menopausale, nell'osteoporosi secondaria, nell'osteodistrofia renale, nell'iperparatiroidismo, nel morbo di Paget. Se e' presente una patologia epatica il valore degli isoenzimi deve essere valutato in base ai valori di gamma-GT, leucinaminopeptidasi, 5 nucleotidasi.