Il Clostridium comprende bacilli anaerobi obbligati, gram positivi, in grado di formare spore se le condizioni ambientali sono avverse. Sono organismi presenti nel suolo, nell'acqua, negli scarichi fognari, e costituiscono la normale flora batterica dell'intestino degli animali e dell'uomo. Alcune specie sono patogene a causa della produzione di tossine, tra queste vi sono il Clostridium difficile (in grado di provocare infezioni intestinali con diarrea e vomito), il Clostridium tetani, agente del tetano, il Clostridium botulinum (botulismo) e il Clostridium perfrigens (gangrena gassosa). Resiste a temperature di 75-80 °C per 30 minuti e viene inattivato solo a 100 °C per 10 minuti. E' molto importante che il prelievo venga effettuato in sterilita'. Anche piccolissime concentrazioni di antibiotici nel campione possono inibire la crescita dei germi. Si consiglia la sospensione di qualsiasi terapia antibiotica almeno una settimana prima del prelievo. L'esame si effettua su un campione di feci.